1、隨著使用時間的延長色譜柱柱壓慢慢上升，這是正常的；
2、使用過程中(流動相和溫度沒有改變的條件下)色譜柱壓力突然升高很多。這種壓力突然升高的現象，通常是由工作人員操作不當引起的。
原因有三點：
1、樣品太臟，使用前沒有過濾，導致柱篩板堵塞；
2、樣品含有的雜質在流動相中的溶解性不是很好，與流動相混合后析出，導致柱塞板堵塞；
3、使用緩沖鹽，處理錯誤，緩沖鹽在賽默飛色譜柱中析出，堵塞塞板和鍵合相顆粒之間的孔隙。
解決辦法對于第二種，即柱壓突然升高的情況，通常有以下幾種解決辦法：
1、將色譜柱反接，用含水比例較大的流動相進行沖洗。
2、色譜柱進樣一端的篩板取下，分別放在水中和甲醇中超聲或更換新的柱篩板。如果柱效沒變，但柱壓仍然較高，則應考慮進樣端填料受污染的問題，因此除了取下進樣端篩板超聲外，還需要挖掉進樣端的部分填料，挖去填料之前先檢查一下填料的顏色，如果填料的顏色發生了變化，則應該挖掉直到見到白色的填料為止。
挖掉后賽默飛色譜柱將出現一個缺口，填補缺口的填料可以從另一支相同品牌、相同型號的報廢色譜柱的出口端獲得，填料用有機溶劑如甲醇等調成糊狀裝入缺口處，壓緊刮平，再裝上篩板。
